I februar til april, hvert år, samler det seg en stor koloni med havert (selart) som kommer for og beite på de rike fiskeressursene på yttersiden av Sørøya. Mange av selene kommer langveis fra, helt fra midt Norge (Trøndelagskysten) og Kvitesjøen i Nordvest Russland. Høyarktiske selarter som hvalross, klappmys og grønlandssel er observert her ved flere anledninger.
Bondøya har et rikt og variert fugleliv med sterke bestander av arter somgråmåke, svartbak, krykkje, lundefugl, teist, storskarv og småskarv. Bondøya er en særlig viktig hekkekoloni for de store måkeartene, og for teisten. Havørn og kongeørn er vanlige og se her, spesielt om våren, når de jakter i de store sjøfuglkoloniene.
Havhest er en sjelden hekkefugl i Finnmark, og Bondøya har en liten, men fast hekkebestand. Av andre sjeldne arter som hekker her kan nevnes vandrefalk og havsvale. Østsiden av Bondøya har et rikt jordsmonn og av blomsterplanter kan nevnes skjørbruksurt som er en vanlig art her. Bondøya med omkringliggende skjær, dvs. Flatskjæret og Rundskjæret er viktig hvile og kasteplass for havert (gråsel). Om våren, spesielt i mars og april, er det vanlig og se mye havert her som ligger og hviler på skjæret. Haverten er ført opp på den norske rødlista som nær truet.
Sagnlandet Bondøya – vårt lokale Atlantis
Småskarv (toppskarv) og skjørbuksurten
Tor Harry Bjørn
Omkring Bondøya ligger en hel del grunner og skjær, hvor det etter sagnet skal ha vært et stort landområde med mye folk. De levde av fiske og hadde det godt.
Dit kom en gang en fattig sjøsamegutt. Han ble vel mottatt og innbyggerne ville ikke gi slipp på hann. Siden de var snille mot han likte han seg godt og slo seg til ro der.
Sagnet forteller videre at de folkene som bodde på Bondøya hadde egne fartøyer som de brukte å føre fisk med til Bergen. Da gutten ble voksen ble han skipper på et av dem. Et år dro tre jekter fra Bondøya til Bergen og sjøsamen var med som skipper. De kom vel frem og fikk solgt fisken. Men da de var ferdig og skulle dra hjemover, vill han ikke forlate byen. Han slo seg på en rangel der og var ikke til å få av gåre. Det samme hvor meget de andre truet og bad så ville hann ikke reise. De kunne reise i forveien, sa han. Hann skulle nok finne veien tilbake. Så måtte de andre reise. Men før de skiltes sa de til han at han fikk nå se å komme tilbake til Bondøya igjen.
Han ble i Bergen til sent på høsten. Så dro han nordover og kom også lykelig og vel dit hvor Bondøya skulle ligge. Men da var den store øya forsvunnet, og igjen var bare det som nå er der og noen skjær og grunner. Det ble et forferdelig uvær og de kunne ikke føre seil. Båten han var med drev i land på Ingøy og bare denne samen ble reddet ved forliset – så han kunne fortelle sin historie. Ennå etter flere år kom det brev fra Bergen adressert til Bondøya.
Det finnes en skillingsvise bygget over en faktisk historie for to – tre hundre år siden om et skipsmannskap som drev piratvirksomhet i Vest Finnmark, og som en tid kan ha holdt til på Bondøya – for i opplysninger til skillingsvisen heter det bare at de holdt til et sted utenfor Sørøy.
Fuglereservat. Hammerfest kommunes har fremmet et forslag til Fylkesmannen i Finnmark og Direktoratet for naturforvaltning om at Bondøya, Skipsholmen og Revsholmen vernes som fuglereservater etter § 37 i naturmangfoldloven. Formålet med et vern er og sikre de store sel- og sjøfuglkoloniene der mot ev. naturinngrep i fremtiden, samt heve områdenes status utad mht. oljevernberedskap, forskning og undervisning. Forslaget er oversendt Fylkesmannen i Finnmark til vurdering.